Etter at grensebefestningene mot Sverige ble nedlagt som følge av Karlstadforhandlingene i 1905, ble det vedtatt at Glommalinjen skulle utbygges som landets nye hovedforsvarslinje mot øst. I perioden 1908–17 ble det bygget befestningsanlegg langs denne linjen. I Fossumavsnittet fikk man to sperrefort og to brogallerier. Høytorp fort var hovedfestning i Fossumstrøket. Underlagt var Trøgstad fort, Fossum brogalleri og Langenesbatteriet, samt et batteri på Gråkollen. Etter datidens forhold var Høytorp fort et meget sterkt festningsanlegg med fast garnison. Mobiliseringsoppsetningen besto av 3500–4000 mann.

Høytorp fort ligger på toppen av høyden nordøst for Mysen sentrum, med høyeste punkt 227 m. o. h. Hovedfortet består av et anlegg sprengt inn i fjellet omgitt av en dyp grav på tre sider. Her var kanonbatteriet med i alt fire tårnkanoner, og en rekke rom for beskyttelse av mannskaper, kommandosentral og ammunisjonslagre. Ved siden av hovedfortet inngår fire kanonstillinger på den såkalte «Vestre høyde» og et haubitzbatteri i festningen. Fortet hadde dessuten et sterkt infanteriforsvar til alle sider, med stykkevis infanteribrystvern, skyttergalleri og overdekkede mitraljøsestillinger. I tillegg til dette omfatter Høytorp fort et leirområde med en rekke bygninger fra den første utbygningsperioden; bl. a. forlegninger, kjøkken- og messebygning, oppsynsmannsbolig og forskjellige magasinbygg. Innenfor leiren fins også noen ekstyske brakker og en del lager og garasjer av nyere dato. Høytorp fort består av i alt 59 inventarnummer.

Høytorp fort har klare forbilder i svensk befestningsbyggeri i samtiden, eksempelvis Boden festning i Nord-Sverige.

1906–1907: Som en følge av nedleggelsen av festningsverkene nær grensen mot Sverige etter Karlstadforliket, ble det bestemt at Glommalinjen skulle utbygges som landets nye hovedforsvarslinje mot øst. Planene for Høytorp fort og Fossumstrøkets festningsverker forelå i 1907.

1912–18: Høytorp fort med fjellanlegg og leirområde etablert og ferdigstilt.

1920–tallet: Høytorp fort var sentrum for organiseringen av det motoriserte feltartilleri. Noe ny bebyggelse.

Ca. 1935: Fortet ble stilt i reserve.

1940–45: Garnison for tyske avdelinger. Det ble oppført en del tyskerbrakker.

1945–56: Øvingssted for bl. a. feltartillerister, stabsøvelser og større felttjenesteøvelser. Noe ny bebyggelse bl. a. Undervisningsbygg og garasjebygg oppført.

1956–1994: Standkvarter for Transportregimentet til fortet ble lagt ned i 1994. Minimalt med ny bebyggelse.

1994–98: En liten del av leirområdet ble disponert av HV, i resten av bygningsmassen ble det etablert noe virksomhet i regi av Eidsberg kommune.

1998–2001: Forsvaret v/Heimevernet trakk seg ut av Høytorp fort og anlegget ble overført til Eidsberg kommune.

2002: Anlegget fredet

Høytorp fort er et godt bevart helhetlig anlegg både når det gjelder selve festningsanlegget, forterrenget og leirområdet. Anlegget er i nasjonal militærhistorisk sammenheng et av de viktigste og best bevarte anleggene langs Glommalinjen. Både bygningene og de fortifikatoriske anleggene er karakteristiske for militæranleggene fra denne perioden, både når det gjelder arkitektonisk utforming og militær teknologi.

Bygningsmiljøet er forholdsvis intakt når det gjelder opprinnelig utforming og materialbruk. Dette gjelder særlig eksteriørene, men også flere av interiørene er intakte. Innenfor verneområdet er det i tillegg til bebyggelsen fra perioden 1914–18 noen bygninger av nyere dato. Disse blir inkludert i vernet både fordi de er integrert i den opprinnelige bebyggelsen, og fordi de bidrar til å vise Høytorp forts utvikling. Til dette kommer den tydelige sammenhengen mellom leirområdet og de fortifikatoriske anleggene, noe som gjør at fortet som helhet har en høy pedagogisk verdi.

Foruten bygningene og fjellanlegget omfatter vernet plasser og veier, samt alle spor i landskapet etter den militære aktiviteten.

Høytorp fort ble fredet ved forskrift 16. 01. 2002

I 1996 ble «Foreningen for Høytorp fort» stiftet. Foreningens hovedmål var å tilbakeføre fortet til 30-tallets skikkelse.

I henhold til avtale mellom Eidsberg kommune og Forsvaret er kommunen ansvarlig for vedlikehold av bygningsmassen inenfor fortområdet.

Eidsberg kommune la i 2006 fram en revidert reguleringsplan for Høytorp fort.